電子物理所
應用數學所
數學建模與科學計算所
應用化學所
分子科學所
統計所
物理所
目前分電子物理、光電與奈米科學、以及理論物理組三組招生，與他校物理系及電子電機相關科系很不同，可以說是一個電子+物理的學系，領域涵蓋光電+奈米+材料等前瞻科技，跨領域的規劃很容易組成理論與實驗互補的傑出研究團隊，強化基礎和應用物理的整合研究，發展成為全台灣一流的研究重鎮。重視基礎物理研究探索宇宙奧秘，開發最尖端科技創造人類幸福。
畢業生從事的行業包括:財務經融業(含銀行、證券、保險、基金經理人、精算)、電子資訊業(含半導體、通訊、電腦公司、軟體公司)、任教大專院校及國高中、財團法人研究單位(含工研院、中研院、資策會、中華電信)、工程公司及傳統產業等。
旨在培養科學、科技、金融產業界，以數學模式、電腦模擬及計算為主之研發人才。招生對象以全國理、工、生醫及管理等科系畢業生為主(不局限於數學系及應用數學系之畢業生)。
旨在培育我國應用化學領域之專業人才，招收大學主修化學、材料、化工及化學生物之學士學位生，提供基礎與應用之全方位的教育與研究訓練。
提供全國最完整之分子科學領域基礎與應用課程外，擁有世界最尖端之各種研究設備，從事新穎而重要的研究，並與國際知名大學及研究機構合作，學生可以得到最好的訓練，並有機會短期出國學習，將來不論是繼續深造或進入研究機構及企業界，均有極佳之發展遠景。
整合統計分析、資訊科學、資料視覺化的跨領域學問，開設資料科學(data science)的相關課程，以培訓具備分析巨量資料(big data)能力的跨領域人才。
致力於基礎物理科學研究品質之提升，期能在凝態物理、原子、分子與光學物理、高能物理、以及生物物理等各領域均達到國際研究之水準。在研究生之教育上，建立優良師生互動，激發學生潛能，使具備研究能力，以培養下一代優秀之物理科學研究人才。